Laut Edward Bach haben pflanzliche Heilmittel "die Kraft, die Schwingungsfrequenz in unserem Körper zu erhöhen und so mit der spirituellen Energie in Kontakt zu bringen, die unseren Körper und Geist reinigt und die Heilung bringt". Die Bach-Blütentherapie zielt also nicht direkt auf körperliche Erkrankungen ab, sondern soll eine "Harmonisierung von Gedanken und Gefühlsmustern" bewirken, die laut Bach die Grundlage eines gesunden Körpers darstellt.

Die Bach-Blütentherapie basiert auf der Hypothese, dass jeder körperlichen Krankheit eine seelische Gleichgewichtsstörung vorausgehe. Bach postulierte zwölf Seelenzustände (Ängstlichkeit, Ärger, Kummer, ...), denen zwölf von ihm entwickelte Blütenessenzen zugeordnet sind. Diese negativen Gemütszustände, die von ihm als Irrtümer bezeichnet wurden, manifestierten sich in körperlichen Symptomen. Eine Heilung solle durch die Umwandlung dieser negativen Gemütszustände in Tugenden erreicht werden. Unterstützt werde diese Umwandlung von der Anwendung entsprechender Blütenessenzen, die regulierend einwirkten.

Später erweiterte er das Repertoire auf 38 disharmonische Seelenzustände der menschlichen Natur, denen er jeweils eine Blütenessenz zuordnete, z.B. soll Rotbuchen-Essenz bei Arroganz, Geißblatt bei Pessimismus, Heidekraut bei Grübelsucht oder Kastanie bei mangelnder Selbstkritik eingesetzt werden.

Die Blüten werden heute noch an den ehemals von Bach festgesetzten Standorten gesammelt und an Ort und Stelle nach speziell entwickelten "Potenzierungsmethoden" (Sonnen- und Kochmethode) verarbeitet und dann in Vorratsflaschen abgefüllt. Bei der Sonnenmethode werden die Blüten für etwa drei bis vier Stunden, bis sie anfangen zu welken, in eine mit Wasser gefüllte Schale gelegt und diese in die Sonne gestellt. Dagegen wird die Kochmethode bei holzigem Pflanzenmaterial oder bei Pflanzen, die zu einer sonnenarmen Jahreszeit blühen, angewendet. Die Pflanzenteile werden dabei eine halbe Stunde mit Wasser gekocht.

Nach Bach geben die Pflanzen ihre Schwingungen als heilende Energie an das Wasser ab. Das Wasser wird anschließend mit einem gleich großen Anteil Alkohol als Konservierungsmittel versetzt. Diese Urtinktur wird ähnlich wie in der Homöopathie weiter verdünnt, um die Blütenessenzen herzustellen.